La construcción de esta iglesia comenzó en el año 1682, pero sólo fue concluida casi 300 años más tarde. Por este motivo los portugueses suelen decir risueñamente “como las obras de Santa Engracia” para señalar que una obra es interminable...

En 1568, la Infanta María, hija de Manuel I, había mandado construir un templo en la zona para la recientemente creada feligresía de Santa Engracia. Nada queda de este primitivo edificio, que en 1630 fue víctima de un robo sacrílego y que a pesar de posteriores reconstrucciones acabó por derrumbarse en 1681.

Poderosos y nobles decidieron entonces la construcción de una iglesia más suntuosa. Un concurso para elegir el mejor proyecto dio por ganador a Joao Antunes, arquitecto de otros importantes proyectos de edificios barrocos en Portugal, quien dirigió la primera etapa de la obra hasta su fallecimiento en 1712.

Diversas causas motivaron que las obras se retrasaran años y años: el rey Joao V concentró su atención y recursos en el gigantesco Monasterio de Mafra y además hubo que reparar daños causados por un terremoto. Los arquitectos que se sucedieron, entre ellos Manuel do Couto, Santos Pacheco y Antoine Duverger, trataron de continuar respetando el diseño original de Antunes, pero ya llegado el siglo XX la iglesia seguía sin terminarse.

La Dirección General de Monumentos Nacionales, con los arquitectos Raul Lino y Lyster Franco fue la que encaró las obras de finalización y recién en 1966 se inauguró oficialmente, cuando se pudo al fin completar la gran cúpula, aunque ya desde 1916 la iglesia era utilizada como panteón.

Fue el dictador Antonio de Oliveira Salazar quien decretó que la Iglesia de Santa Engracia se utilizara como Panteón Nacional, y su interior guarda los restos de presidentes de Portugal, de importantes escritores, como Joao de Deus, Almeida Garrett y Guerra Junqueiro, y de la recordada cantante de fado Amalia Rodrigues, así como monumentos conmemorativos de figuras destacadas de la historia, tales como Vasco da Gama, Afonso de Albuquerque, Enrique el Navegante y el famoso poeta Luis de Camôes, entre otros.