Muchas son las historias que se crearon acerca de la fortuna y el poder acumulado por los jesuitas en todo el mundo. Y Praga también tiene la suya, que habla de un tesoro que los jesuitas habrían dejado oculto en el Clementinum cuando debieron marcharse de la ciudad.

El emperador reformista José II decretó en 1773 la abolición de los monasterios y la expulsión de las órdenes religiosas, entre ellos los jesuitas.
Entonces, la leyenda dice así:

Un día, alguien golpeó a la puerta de la casa de un pobre albañil. Al abrir, se encontró con dos extrañas figuras encapuchadas que le provocaron asombro, al principio, y luego le infundieron temor. Estos personajes le pidieron la realización de un trabajo a cambio de una muy buena paga. La necesidad del albañil fue mayor que su miedo y aceptó el ofrecimiento, aunque de mala gana.

Las dos personas le vendaron los ojos y lo subieron en un carruaje para hacer un "largo" viaje -en realidad dieron unas vueltas por la ciudad para confundirlo-. Del mismo modo, al bajar lo hicieron dar varias vueltas por aquí y por allá antes de descubrirle los ojos.

Entonces el albañil se encontró en un sótano. Frente a él había un hueco en la pared, por el cual se asomó para espiar y vio muchos cofres de hierro. Su trabajo consistía precisamente en cerrar ese hueco y así lo hizo. Una vez el trabajo concluido se repitió el procedimiento de vendarle los ojos y el supuesto largo viaje para llevarlo de vuelta a su casa.

Se dice que en el viaje de regreso el albañil pudo oir claramente el reloj del Clementinum. Aquel extraño suceso ocurrió en los tiempos en que los jesuitas debieron abandonar la ciudad y por eso se cree que dejaron oculto un gran tesoro, que probablemente no podían llevar consigo, o pensando que más tarde volverían.
De todas formas, el tesoro del Clementinum nunca fue encontrado... sea nunca existió, sea permanece bien oculto en alguno de los muros del enorme complejo.